ÚZIS ČR při nakládání s osobními údaji NZIS zajišťuje úlohu správce ve smyslu Nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) 2016/679 ze dne 27. dubna 2016 o ochraně fyzických osob v souvislosti se zpracováním osobních údajů a o volném pohybu těchto údajů a o zrušení směrnice 95/46/ES (obecné nařízení o ochraně osobních údajů). Osobní údaje z NZIS neposkytuje žádným dalším subjektům, s výjimkou případů stanovených explicitně zákonem (např. § 8 odst. 5 zákona č. 141/1961 Sb., o trestním řízení soudním, tzv. trestní řád).
Ústav je součástí státní statistické služby (jako organizační složka státu pověřená Ministerstvem zdravotnictví k plnění svých úkolů) a tuto činnost vykonává podle zákona č. 89/1995 Sb., o státní statistické službě, ve znění pozdějších předpisů. Spolupracuje s orgány státní statistické služby, především s Českým statistickým úřadem, zajišťuje vazby mezi NZIS a jednotlivými poskytovateli zdravotních služeb a spolupracuje s provozovateli informačních systémů jiných organizací v resortu i mimo něj.
Ústav se řídí principy, které jsou obsaženy v tzv. Kodexu evropské statistiky, který představuje společný souhrn evropských norem určený statistickým orgánům a celému Evropskému statistickému systému a jehož cílem je zajištění kvality a důvěryhodnosti evropských dat. Tyto zásady se týkají, mimo jiné, profesionální nezávislosti, ochrany důvěrnosti, spolehlivosti dat, jejich přesnosti, včasnosti, dochvilnosti, dostupnosti, srozumitelnosti, jasnosti, srovnatelnosti a soudržnosti.
Ústav spolupracuje s asociacemi nemocnic, odbornými lékařskými společnostmi, sdruženími lékařů, zdravotními pojišťovnami a dalšími organizacemi na zpřesňování obsahu NZIS a využití sbíraných dat.
V oblasti zdravotnické statistiky na mezinárodní úrovni spolupracuje Ústav zejména s organizacemi WHO, OECD, OSN, EUROSTAT a dalšími. Ústav je předkladatelem oficiálních informací z NZIS za Českou republiku.
Systémy managementu kvality organizace a bezpečnosti informací Ústavu byly v roce 2015 opakovaně prověřeny a shledány shodnými s požadavky ISO 9001:2008 a ISO / IEC 27001:2013.
