Chlorhexidin je dezinfekční a antiseptický prostředek. Jako antiseptikum se používá především ve stomatologii: nachází se například v některých roztocích používaných pro vyplachování úst (tzv. ústní vody). Dále se používá v chirurgii, zejména k dezinfekci kůže před operací a ke sterilizaci chirurgických nástrojů. Obsažen je i v některých náplastech, mastech používaných při péči o rány apod.