Úhrada zdravotní pojišťovny se liší podle toho, zda je léčivý přípravek poskytován při ambulantní, nebo lůžkové péči.
Při poskytování lůžkové péče hradí zdravotní pojišťovna plně léčivé přípravky v provedení ekonomicky nejméně náročném, v závislosti na míře a závažnosti onemocnění. Pacient se na úhradě poskytnutých léčivých přípravků v rámci lůžkové péče nikdy nepodílí, a to bez ohledu na to, zda se jedná o volně prodejný přípravek, či lék vázaný na předpis.
Při ambulantní péči jsou léčivé přípravky hrazeny ze zdravotního pojištění ve výši a za podmínek stanovených povětšinou rozhodnutím Státního ústavu pro kontrolu léčiv, jak je popsáno níže. Zákon přitom výslovně stanovuje několik výjimek z tohoto postupu.
Ze zdravotního pojištění nejsou v rámci ambulantní péče hrazeny léčivé přípravky, jejichž výdej není vázán na lékařský předpis (tedy jsou volně prodejné), ledaže s úhradou vyjádří z důvodu veřejného zájmu souhlas všechny zdravotní pojišťovny. Ze zdravotního pojištění se dále nehradí například podpůrné a doplňkové léčivé přípravky, antikoncepce, léky na potenci a jiné.
Na takové léky tedy zdravotní pojišťovny pacientovi v zásadě nepřispívají – pacient si je platí sám. Cenu si určuje výrobce, stejně tak distributoři i lékárny u těchto léčiv mohou požadovat libovolnou obchodní přirážku. Cena podléhá pouze konkurenčnímu boji v rámci hospodářské soutěže.
Léčiva z kategorie vázaných na lékařský předpis (recept) nejsou automaticky hrazena zdravotními pojišťovnami. I v rámci této kategorie totiž existují případy, kdy zákon zakazuje, aby se ze zdravotního pojištění hradila. Ze zdravotního pojištění se totiž nehradí například podpůrné a doplňkové léčivé přípravky, antikoncepce, léky na potenci a jiné.
Pokud léčivý přípravek nespadá do kategorií, které vylučují úhradu ze zdravotního pojištění, může jeho výrobce podat žádost o jeho částečnou nebo celkovou úhradu. O tom, v jaké výši bude pacientovi na lék přispíváno a za jakých podmínek, rozhoduje SÚKL ve správním řízení.
V současné době je, formálně vzato, jen na výrobci, zda se rozhodne požádat o to, aby byl jeho lék zcela či částečně hrazen z veřejného zdravotního pojištění. Výrobce léku nemusí podat žádost o úhradu ani u léku, který by jinak podle zákona mohl úhradu získat. Může hned po registraci uvést lék na trh, ale pacienti by pak v lékárně platili plnou cenu. Ta by musela pokrýt nejen cenu, za kterou lék na trh výrobce dodal, ale i obchodní přirážky distributorů a lékárny. Přitom by žádné z těchto položek nebyly regulovány. Cena by se tvořila volně.
Ve skutečnosti jsou výrobci motivováni k tomu, aby žádost o úhradu svého léku podali. U léčiv, která nemají alternativu (generické kopie), by sice nehrozilo, že by pacienti kupovali jiný lék, ale cena by byla s největší pravděpodobností tak vysoká, že by si ji skoro nikdo nemohl dovolit platit. Aby výrobce zajistil dostupnost léčiva, snaží se dosáhnout toho, aby pacient doplácel co nejméně a aby co největší část ceny zaplatila zdravotní pojišťovna. U léčiv, která alternativu mají, je situace o to markantnější. Pokud konkurenti mají zajištěnu úhradu ze zdravotního pojištění, je nezbytné, aby i nově vstupující lék byl ze zdravotního pojištění hrazen, jinak by pacienti logicky vyžadovali pouze lék s úhradou.
Výrobce je tedy z mnoha důvodů nucen podat žádost o úhradu svého léku z veřejného zdravotního pojištění. S tím však zákon spojuje další okolnost. V situaci, kdy má být lék plně nebo částečně hrazen z veřejného zdravotního pojištění, zákon vyžaduje, aby podléhal regulaci ceny, a to na všech úrovních – u výrobce, distributorů i lékáren. Znamená to tedy, že nikdo z tohoto dodavatelského řetězce si nemůže cenu stanovit libovolně, ale podléhá určitým omezením.
Předpisy a procesy, které upravují tvorbu ceny na všech úrovních distribučního řetězce (od výrobce, přes distributory až po lékárny), nazýváme cenovou regulací. Předpisy a procesy, které upravují tvorbu úhrady z veřejného zdravotního pojištění, včetně stanovení výše úhrady i podmínek, za jakých bude lék hrazen, nazýváme úhradovou regulací. Cenová i úhradová regulace se částečně prolínají. Obě regulace jsou upraveny ve společném zákoně, používají podobné mechanismy a jsou realizovány podobným administrativním procesem. Přesto jsou ve svých jednotlivostech samostatné, neboť ve svém důsledku směřují k regulaci jiných subjektů.
Cenová regulace logicky směřuje vůči dodavatelům léčiv a upravuje postup, jakým mají limitovat tvorbu ceny, za kterou budou lék prodávat. Úhradová regulace mnohem komplexnější. Nesměřuje vůči dodavatelům léčiv, ale zakládá veřejnoprávní nárok pacienta získat hrazený lék, pakliže splňuje podmínky pro jeho úhradu. Přitom svými mechanismy dopadá na celou řadu vztahů, nejen mezi pacientem a jeho zdravotní pojišťovnou, ale také mezi zdravotní pojišťovnou a předepisujícím lékařem nebo poskytovatelem zdravotních služeb, či mezi zdravotní pojišťovnou a výrobcem léku nebo vydávající lékárnou.