V některých oborech zajišťuje Fakultní nemocnice Plzeň zdravotní péči také pro obyvatele přilehlých regionů, zejména jižních a severních Čech, Karlovarska a části středních Čech. Avšak například v oblasti umělého oplodnění, transplantací kostní dřeně, operací jater, prostaty či ledvinových nádorů je význam Fakultní nemocnice Plzeň celorepublikový.
Velice důležitá jsou též akreditovaná odborná centra. Nemocnice je provázána s Lékařskou fakultou Univerzity Karlovy v Plzni. Zejména v oblasti takzvané speciální a superspeciální lůžkové i ambulantní péče je její úloha v kraji a okolí nezastupitelná.
