Výzkum pokrývá široké spektrum témat současné endokrinologie, počínaje tyreologií přes problematiku steroidních hormonů, neuroendokrinologii, imunoendokrinologii, molekulární endokrinologii a genetiku, endokrinologii stárnutí až po výzkum diabetu a obezity. Výzkum obnáší nejen klinické studie, ale i epidemiologická šetření a otázky základního výzkumu. Každoročně pracovníci ústavu řeší několik desítek výzkumných projektů, podporovaných jak domácími grantovými agenturami (Interní grantová agentura Ministerstva zdravotnictví, Grantová agentura České republiky a dalšími), tak mezinárodními projekty.
Každoročně je v ústavu vyšetřeno téměř 45 000 pacientů na třech klinických odděleních – Klinické endokrinologie, v Centru pro diagnostiku a léčbu obezity a v Laboratoři funkční diagnostiky. Do každodenní klinické praxe byly zavedeny nové diagnostické přístupy, zahrnující stanovení nově objevených hormonů, clampové techniky a molekulárně biologické metody. Nedávná restrukturalizace a modernizace biochemických laboratoří a odběrového boxu umožnily využití moderních prostředků a zařízení, nabízejících široké spektrum biochemických a hormonálních vyšetření. Každodenně je v laboratořích vyšetřeno okolo 300 pacientů. To představuje ročně okolo půl milionu hormonálních a dalších biochemických vyšetření provedených v ústavu.
Centrum pro diagnostiku a léčbu obezity, začleněné do ústavu v roce 2002, zajišťuje komplexní diagnostiku a léčbu obezity, se zaměřením na těžce obézní jedince a pacienty s vysokým rizikem kardiometabolických onemocnění. Ústav je zapojen do pregraduální výuky na lékařských fakultách, na přírodovědecké fakultě a také na Jihočeské univerzitě. Jak lékaři, tak ostatní výzkumní pracovníci významně přispívají k postgraduální výuce endokrinologie v rámci Subkatedry endokrinologie jako součásti Ústavu pro další vzdělání lékařů (IPVZ), sídlící v ústavu. Jak ústav, tak subkatedra získaly akreditaci pro obor endokrinologie od ministerstva zdravotnictví.
