MZ ČR je ústředním orgánem státní správy pro:
- zdravotní péči a ochranu veřejného zdraví
- zdravotnickou vědeckovýzkumnou činnost
- zacházení s návykovými látkami, přípravky, prekursory a pomocnými látkami
- vyhledávání, ochranu a využívání přírodních léčivých zdrojů, přírodních léčebných lázní a zdrojů přírodních minerálních vod
- léčiva a prostředky zdravotnické techniky pro prevenci, diagnostiku a léčení lidí
- zdravotní pojištění
- zdravotnický informační systém
MZ ČR kromě toho přímo řídí některá zdravotnická zařízení a další organizace, jmenovitě (řazeno abecedně):
- Agentura pro zdravotnický výzkum České republiky (AZV ČR)
- BALMED Praha, státní podnik
- Centrum kardiovaskulární a transplantační chirurgie Brno
- Dětská psychiatrická nemocnice
- Dětská psychiatrická nemocnice Opařany
- Dětská psychiatrická nemocnice v Lounech
- Endokrinologický ústav
- Fakultní nemocnice Brno
- Fakultní nemocnice Bulovka
- Fakultní nemocnice Hradec Králové
- Fakultní nemocnice Královské Vinohrady (FNKV)
- Fakultní nemocnice Olomouc
- Fakultní nemocnice Ostrava
- Fakultní nemocnice Plzeň
- Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně (FNUSA)
- Fakultní nemocnice v Motole
- Hamzova odborná léčebna pro děti a dospělé
- Horské lázně Karlova Studánka, státní podnik
- Hygienická stanice hlavního města Prahy se sídlem v Praze
- Institut klinické a experimentální medicíny (IKEM)
- Institut postgraduálního vzdělávání ve zdravotnictví (IPVZ)
- Koordinační středisko transplantací
- Krajská hygienická stanice Jihočeského kraje se sídlem v Českých Budějovicích
- Krajská hygienická stanice Jihomoravského kraje se sídlem v Brně
- Krajská hygienická stanice Karlovarského kraje se sídlem v Karlových Varech
- Krajská hygienická stanice kraje Vysočina se sídlem v Jihlavě
- Krajská hygienická stanice Královéhradeckého kraje se sídlem v Hradci Králové
- Krajská hygienická stanice Libereckého kraje se sídlem v Liberci
- Krajská hygienická stanice Moravskoslezského kraje se sídlem v Ostravě
- Krajská hygienická stanice Olomouckého kraje se sídlem v Olomouci
- Krajská hygienická stanice Pardubického kraje se sídlem v Pardubicích
- Krajská hygienická stanice Plzeňského kraje se sídlem v Plzni
- Krajská hygienická stanice Středočeského kraje se sídlem v Praze
- Krajská hygienická stanice Ústeckého kraje se sídlem v Ústí nad Labem
- Krajská hygienická stanice Zlínského kraje se sídlem ve Zlíně
- Léčebna tuberkulózy a respiračních nemocí Janov
- Léčebné lázně Lázně Kynžvart
- Masarykův onkologický ústav (MOÚ)
- Národní centrum ošetřovatelství a nelékařských zdravotnických oborů (NCO NZO)
- Národní lékařská knihovna (NLK)
- Národní ústav duševního zdraví (NUDZ)
- Nemocnice Na Homolce
- Psychiatrická léčebna Červený Dvůr
- Psychiatrická léčebna Šternberk
- Psychiatrická nemocnice Bohnice
- Psychiatrická nemocnice Brno
- Psychiatrická nemocnice Havlíčkův Brod
- Psychiatrická nemocnice Horní Beřkovice
- Psychiatrická nemocnice Jihlava
- Psychiatrická nemocnice Kosmonosy
- Psychiatrická nemocnice Marianny Oranžské
- Psychiatrická nemocnice v Dobřanech
- Psychiatrická nemocnice v Kroměříži
- Psychiatrická nemocnice v Opavě
- Referenční laboratoře přírodních léčivých zdrojů
- Rehabilitační ústav Hrabyně
- Rehabilitační ústav Kladruby
- Revmatologický ústav
- Státní léčebné lázně Bludov, státní podnik
- Státní léčebné lázně Janské Lázně, státní podnik
- Státní ústav pro kontrolu léčiv (SÚKL)
- Státní zdravotní ústav (SZÚ)
- Thomayerova nemocnice
- Ústav hematologie a krevní transfuze (ÚHKT)
- Ústav pro péči o matku a dítě (ÚPMD)
- Ústav zdravotnických informací a statistiky ČR (ÚZIS)
- Všeobecná fakultní nemocnice v Praze (VFN)
- Zdravotní ústav se sídlem v Ostravě
- Zdravotní ústav se sídlem v Ústí nad Labem
